Năm 1597, vua nhà Minh sai Trần Đôn Đức cùng Vương Doãn Lâp đem ngựa tốt, đai bằng ngọc, mũ sung thiên và hai bức sắc văn có viết tám chữ: "Quang hưng tiền liệt, định quốc nguyên huân" (làm rực rỡ công đức tổ tiên và có công đầu định được nước), tặng cho Trịnh Tùng. Đích thân Minh Thần Tông có lời khen[100]

Nước An Nam, tướng họ Trịnh hay hậu được nghĩa nhân, giúp được nhà Lê tiểu trừ giặc Mạc, thực là bực anh hùng trong đời.

Sử gia Phan Huy Chú trong sách Lịch triều hiến chương loại chí (phần Nhân vật chí) đã đánh giá:[101]

Ông tính khoan hậu, yêu người, khéo vỗ về tướng sĩ, đoán tình thế của giặc không sai, dùng binh như thần. Trong 20 năm kinh dinh đất nước, cuối cùng dẹp được kẻ tiếm nghịch, khôi phục nhà Lê, công trùm thiên hạ, oai lừng khắp nơi, mới được sắc phong vẻ vang, lễ đãi long trọng. Ông thực sự làm chúa cầm quyền bính, công lao sự nghiệp danh vọng lừng lẫy.

Theo giáo sĩ Alexandre de Rhodes[99]...(Chúa) trị nước rất khôn khéo, dùng võ lực rất hùng mạnh, lại rất kiên trì và chịu đựng gian khổ do chiến tranh trong 40 năm thì sau cùng đuổi được quân nghịch thần đã cướp đoạt bốn tỉnh trong nước và hạ được cường bạo lập ngôi vương. Thanh thế ông vang lừng và ông bắt toàn dân Đàng Ngoài phải đồng tình để cho ông lấy danh hiệu Vương, tiếng chữ Hán có nghĩa vua, theo tiếng Đàng Ngoài. Thế là chính nhà vua trị vì lúc đó cũng chấp nhận, không những để ông lấy danh hiệu là chúa mà còn nắm hết chức vụ và mọi quyền, và mọi người cũng bằng lòng.

Khâm định Việt sử Thông giám Cương mục thường phê phán Trịnh Tùng là một gian thần ức hiếp vua, và nhận xét về việc lập Lê Thế Tông năm 1573 của Trịnh Tùng:

là vì Trịnh Tùng chỉ cốt lợi rằng vua còn thơ ấu đó thôi. Trịnh Kiểm tuy chuyên quyền nhưng tội ác chưa có gì tỏ rõ cho lắm; đến Trịnh Tùng mới thật là gian thần như đồ Vương Mãng và Tào Tháo[102][Ghi chú 30]

Về công trung hưng nhà Lê của chúa Trịnh

Dựa vào công lao trước của cha. Trịnh Tùng có công rất to, mà mang tội cũng nặng lắm. Không làm như vậy thì không đủ để diệt nhà Mạc mà phù Lê được. Mạc tuy bị diệt rồi, nhưng Trịnh lại lù lù ở đó thì cũng lại là một Mạc (thứ hai) nữa thôi!Nhà Lê lúc bấy giờ cũng chẳng khác gì nhà Chu bên Trung Quốc chỉ ngồi giữ ngôi. Khi ấy bề tôi đầy cả một triều đình vậy mà không hiểu tại sao lại để sự tệ hại chất chứa đến như thế. Từ khi Tùng làm việc bạo ngược là giết vua, sách này chỉ chép là Trịnh Tùng không mà thôi, tất cả quan tước của hắn đều bị tước bỏ. Đến đây hắn còn cả gan xưng Vương, thì không còn chê trách nào nặng nề hơn được nữa, bèn tước bỏ họ của hắn (chỉ chép tên Tùng mà thôi).[103]

Tiểu thuyết gia Nguyễn Khoa Chiêm trong tác phẩm Nam triều công nghiệp diễn chí của mình có đề bài thơ chê trách Bình An vương Trịnh Tùng làm nhiều điều tiếm vượt, lấn quyền và giết vua[104]

Thương xót Lê hoàng vận bĩ là!Rồng thần thất thế gặp yêu xà.Anh hùng ít kẻ giúp triều chính,Tiếm loạn nhều tay rắp gian tà,Trịnh Xuân ví thử mưu chắc thắng,Định Đế[Ghi chú 31] nào đâu phải khóc la.Kìa xem con bố tru diệt lẫn,Mới biết lòng trời bỏ Trịnh gia

Sử gia Nguyễn Khắc Thuần thì cho rằng tuy Trịnh Tùng lấn quyền nhà Lê, nhưng nếu không có ông thì cơ nghiệp của họ Lê cũng chẳng thể nào khôi phục lại được[80]:

Sử gia xưa chê Trịnh Tùng lộng quyền, quả có thế thật, nhưng nếu không như vậy, chưa dễ đã có vua Lê, cho dẫu là ngôi suông. Thời loạn, mọi sự không thường đều là sự thường đó thôi.